Zoals elke behandeling, kan een MRA ook nevenwerkingen oproepen. De meest gekende zijn een verhoogde speekselvloed bij de start van de behandeling en het gevoel dat de tanden ‘s morgens niet goed op elkaar passen. De patiënt krijgt oefeningen om dit effect te beperken. Vaak denkt men dat de kaakgewrichten te lijden hebben onder de behandeling, maar dit is bij de overgrote meerderheid van de patiënten niet het geval.

Het is uitzonderlijk dat de behandeling met een MRA moet gestopt worden omwille van nevenwerkingen.